Giuseppe Pignatone, procuratore di Roma dal 2012 al 2019, è stato ascoltato dalla Commissione parlamentare d’inchiesta che indaga sulla scomparsa delle quindicenni Emanuela Orlandi e Mirella Gregori, dando la sua versione in merito ad alcuni episodi controversi che hanno segnato il caso e che l’hanno visto protagonista. Pignatone ha chiarito diversi punti, tra cui la questione degli incontri riservati tra il suo predecessore, il procuratore Giovanni Capaldo, e il capo e vicecapo della Gendarmeria Vaticana, Giani e Alessandrini, che stando alle sue parole mai sarebbero stati portati alla sua attenzione. Pignatone ha spiegato di non essere stato informato di questi incontri, pur avendo sollecitato chiarimenti già il 2 aprile 2012, pochi giorni dopo il suo arrivo a Roma. Il procuratore capo ha quindi insinuato che Capaldo avesse voluto tenerlo all'oscuro di questi contatti, di cui ha appreso solo successivamente attraverso ricostruzioni giornalistiche. Un altro argomento discusso durante l’audizione riguarda la questione della tomba di Enrico De Pedis, il capo della Banda della Magliana, sepolto nella Basilica di Sant'Apollinare a Roma. Nonostante la forte pressione dei media, Pignatone ha riferito di aver sollecitato l'apertura della tomba solo più di un mese dopo il suo insediamento. Capaldo, a sua volta, avrebbe considerato inutile tale operazione, ma non vi erano ostacoli legali, come confermato dallo stesso Pignatone. Secondo il magistrato, la sua richiesta di riaprire la tomba è stata motivata dalla necessità di fare chiarezza sulla vicenda, e in seguito, Capaldo e Maisto, i suoi vice, hanno condiviso l'opinione di procedere con la verifica, che si è effettivamente svolta il 14 maggio 2012.
Nel corso dell’interrogatorio, Pignatone ha anche fatto luce su alcune intercettazioni che coinvolgono Don Vergari (rettore della Basilica indagato per concorso in sequestro di persona) e Carla Di Giovanni (moglie di De Pedis), in cui si fa riferimento al "procuratore nostro". Secondo la trascrizione, Di Giovanni avrebbe detto, il 19 maggio 2012, che il "procuratore nostro sta prosciogliendo, sta archiviando tutto, ci penserà lui a far tacere Pietro Orlando”. Pignatone ha spiegato che la sua nomina era recente e che nelle intercettazioni non veniva mai definito "procuratore nostro", ma sempre "procuratore nuovo", come confermato anche da una consulenza tecnica incaricata dal magistrato. Ha inoltre sottolineato che tali dichiarazioni sono state oggetto di “illazioni e sospetti ingiustificati”. Pignatone ha chiarito, infine, la sua posizione riguardo alle indagini sulla scomparsa di Emanuela Orlandi e Mirella Gregori. Non ha mai avanzato teorie precise sul movente, limitandosi a osservare che, a suo avviso, non vi erano elementi concreti per formulare ipotesi più dettagliate su una pista piuttosto che su un’altra. In sintesi, l'ex procuratore di Roma ha ribadito di non essere mai stato coinvolto direttamente nelle indagini o nelle trattative che hanno riguardato i contatti tra la procura e la Gendarmeria Vaticana, né di aver avuto un ruolo nell’archiviazione del caso. L'incontro con la Commissione parlamentare ha dato al magistrato l'opportunità di esprimere la sua versione dei fatti, rispondendo alle critiche che sono emerse negli anni successivi all’archiviazione dell'inchiesta. La sua testimonianza ha fatto luce su alcuni passaggi oscuri, ma non ha risolto i dubbi legati al caso Orlandi-Gregori.
