Nel 1997 Valentino Rossi è riuscito a conquistarsi l'affetto della gente non solo per la sua guida ma anche per il suo modo di essere carismatico e alla mano. Quell'anno correva con l'Aprilia RS 125cc. Durante la sua seconda stagione, nessuno si aspettava che un diciottenne dominasse in questo modo la categoria. Il suo brillante esordio nel 1996 gli valse infatti un contratto con l'Aprilia come pilota ufficiale.

Dopo aver vinto il Gran Premio d'Italia, davanti al suo pubblico, nel fare il giro d'onore prese con sè un una bambola gonfiabile con il nome "Claudia Skiffer" scritto sulla schiena, per poi spiegare ai media: "Questo era per Max Biaggi. Diceva di uscire con Noemi Campbell, allora ho scelto la Schiffer". Con Valentino l'Aprilia tornò a vincere dopo un digiuno che continuava dal 1994. La moto di Rossi era molto forte, essendo la più veloce e allo stesso tempo affidabile, il pilota risucì a totalizzare ben 11 vittorie in 15 gare.

Nel 1999, nonostante l'inizio di stagione non fosse stato dei migliori, (5° in Malesia per un problema elettrico, 7° a Suzuka sotto la pioggia e abbandono a Le Mans per un problema alla catena dopo la vittoria a Jerez), i successi cominicarono ad arrivare e il pilota totalizzò ben nove risuciendo così a salire sul gradino più alto del podio stupendo tutti. Da lì la scelta di correre nella classe 500, questa volta però con un nuovo team ovvero quello della Honda.

Valentino Rossi è arrivato giusto in tempo per essere l'ultimo campione della 500cc che chiuse i battenti nel 2001, la fine di un'era durata 53 anni dalla nascita della categoria nel 1949. Dopo essere arrivato secondo nel 2000, l'italiano riuscì ad imporsi l'anno successivo nel duello che lo vide protagonista con Max Biaggi, pilota della Yamaha.

Dopo un testa a testa inizale, la stagione volse a favore del numero 46 quando Max Biaggi cadde sul suo circuito preferito (Brno) permettendo così a Valentino di allungare il distacco. Lo stesso Vale disse poi "Biaggi andava molto forte e ho pensato: forse posso sorpassarlo all'ultimo giro... e quando è caduto ho pensato: merda, ora devo cambiare programma". Con il successo sul circuito di Nelson Piquet, l'ultima data del calendario, Rossi vinse l'ultima gara della 500cc della storia. 

Così, nel 2002, la classe regina cambiò nome in MotoGP, permettendo di abbinare una griglia con i vecchi 2 tempi fino a cinquecento centimetri cubi, con le nuove moto 4 tempi e con cilindrata fino a 990cc. Sebbene all'inizio i piloti avessero dei dubbi, presto si resero conto che fosse il futuro. La scelta di Honda, che propose un motore a V di 5 cilindri, si rivelò vincente rispetto a quella dei suoi rivali.

Dopo aver vinto la gara di apertura ed essere arrivato secondo dietro al compagno di squadra Ukawa a Welkom, Valentino collezionò ben sette vittorie consecutive da Jerez al Sachsenring riuscendo a conquistare il primo titolo MotoGP diventando il primo pilota nella storia ad avere vinto il titolo in quattro diverse categorie.

Alla fine del 2003 Rossi stupì tutti decidendo di lasciare Honda per passare alla Yamaha, una casa con tanti titoli ma che aveva fatto fatica a riprendersi dopo l'infortunio di Wayne Rainey nel 1993. Fu amore a prima vista al punto che la prima gara insieme (Welkom 2004) venne definita da Valentino stesso come "La migliore gara della sua vita". Lì Rossi dimostrò alla Honda come il pilota, circondato da un team adeguato, fosse più importante della moto.

Quello stesso anno Rossi vinse il Mondiale eguagliando ciò che Eddie Lawson fece nel 1989 quando pur cambiando scuderia, vinse consecutivamente due mondiali con due moto diverse. Sebbene la M1 soffrisse per quanto riguarda la velocità massima, in agilità e in curva era superiore oltre ad essere senza dubbio la moto che più ha commosso il Dottore e che, nonostante l'abbia lasciata per andare in Ducati, l'ha visto tornare nel 2013 per promettergli amore eterno. Nonostante infatti sia stato campione con 5 moto diverse, la Yamaha M1 occupa un posto speciale nel suo cuore.