Dalla pole scatta bene Jorge Martin, che si prende immediatamente la testa della corsa. Non fa altrettanto Bezzecchi, che alla frenata della prima curva ha un inciampo, un bloccaggio dell'anteriore. Marco sfiora per una questione di centimentri il posteriore di Pecco Bagnaia, ma per evitarlo gira leggermente "lungo". Dietro di lui, Vinales e Zarco devono per forza allargare la traiettoria e raddrizzare la moto: per Johann si tratta di un'escursione nella ghiaia dalla quale riemerge ultimo, l'Aprilia di Maverick invece affonda nella via di fuga, e lo spagnolo è costretto a dire addio alla gara. I piloti percorrono le prime curve sulle uova, perché l'asfalto di Motegi si sta definitivamente inzuppando, rendendosi scivoloso per gomme sprovviste di scalanature. Senza nemmeno completare il primo giro, il gruppone della MotoGP transita nella pitlane, per cambiare moto e gomme, in quest'ordine: Miller, Bagnaia, Martin, Aleix Espargaró, Binder, Marc Marquez, Di Gainnantonio, Oliveira, Nakagami e Bezzecchi a chiudere la top ten. Restano fuori Pirro, Bradl e le Yamaha di Quartararo, Morbidelli e Crutchlow. Loro fanno all in, sperano che la perturbazione sia leggera, passeggera. Se smettesse di piovere subito questi cinque giocatori d'azzardo, con gomme d'asciutto e trenta secondi di vantaggio sulla compagnia cantante, potrebbero puntare alla vittoria.

Ma la pioggia passeggera non è. Bagnaia e Miller, all'uscita della corsia dei box, impiegano qualche decimo in più degli altri per disinserire il limitatore di velocità, perdendo tre posizioni in altrettanti secondi. Nella fattispecie a rimettersi in testa (al gruppo di coloro che hanno cambiato moto) è Martin, portandosi dietro Espargaró e Marquez. Dietro Bezzecchi trova subito una splendida confidenza in condizioni full wet, e in un solo giro si riaggancia a Miller e a Bagnaia, scavalcando Pecco con una poderosa staccata in fondo al "discesone" di Motegi. Al settore successivo Martin perde i riferimenti della frenata di curva 3: gira largo Jorge, fa praticamente un long lap penalty, lo ringraziano Aleix, Marquez, Bezzecchi e Bagnaia. In nemmeno sei giri il gruppone principale raggiunge e inghiotte i quattro solitari (Quartararo alla fine è rientrato con un solo giro di ritardo rispetto agli altri), che a parte Franco Morbidelli - stoico - si arrendono e decidono di rientrare. 

Rientrano anche perché la pioggia aumenta, scende dal cielo copiosa e fitta. Le condizioni mutano in continuazione, ma adesso - con tanta acqua in pista - a soffrire più di tutti è Aleix Espargaró, l'unico tra i primi cinque equipaggiato con una wet soft al posteriore, mentre gli altri montano una media da bagnato. Aleix viene gradualmente sfilato da Martin - che è il più veloce e ha già riscattato l'errore - Bagnaia, Bezzecchi e Marquez. Il distacco tra Jorge e Pecco - dopo una breve ma intensa lotta tra i due rivali per il titolo - è un elastico che si allunga e si accorcia in continuazione, ma che alla fine si aggira sempre attorno al secondo. Un'altalena che si riflette sulle proiezioni in classifica, sulle condizioni meteo che continuano a cambiare. Dai posteriori delle MotoGP si alzano nuvoloni d'acqua, la luce è bassa e tenue: adesso diluvia. Marquez viene scavalcato da un  Miguel Oliveira in feroce rimonta, ma le difficoltà del 93 sono transitorie. Marc in un giro si riprende la quarta posizione, lanciandosi all'inseguimento di Bezzecchi, mentre Miguel sui rettilinei comincia a voltarsi lateralmente per evitare lo spray erogato dalle moto che lo precedono. A tredici giri dal termine il pilota del Team RNF Aprilia si ritira, e rientrando ai box il gesto è chiaro: "Non vedo nulla". 

Pochi piloti in griglia di partenza sono riusciti a cambiare casco e infilare quello da bagnato, con la visiera trasparente e prese d'aria adattate per le condizioni estreme, come quelle che la MotoGP si trova ad affrontare ora a Motegi. Marquez, non a caso, si esalta; sopravanza Bezzecchi e rampa sui primi due. Dopo una chiusura d'anteriore per Binder alla tre, anche Zarco scivola ad alta velocità alla undici. Il rischio di aquaplaning adesso è serio. Martin, Bagnaia e Bezzecchi - a dodici giri dalla bandiera a scacchi - alzano il braccio e scuotono la testa. La Direzione Gara recepisce, esponendo subito bandiera rossa. Quindici minuti più tardi - nonostante le condizioni restino le stesse - va in onda un tentativo di ripartenza. È sufficiente un giro di ricognizione per convincersi che a Motegi - con poca luce, foschia e ancora tanta pioggia - non è più il caso di rischiare. Più di metà gara è stata completata e, quindi, punti pieni ai primi cinque classificati. Marc Marquez torna sul podio dopo un anno, con la Honda, nella pista di casa di Asaka. Jorge Martin sigla un altro weekend perfetto e, per la settima volta consecutiva, guadagna punti su Pecco Bagnaia. Il numero 1 è ancora leader, ma con soli tre punti di vantaggio sullo spagnolo, cinquantaquattro su Marco Bezzecchi, in piena lotta viste le 12 gare (Sprint Race comprese) ancora da disputare. La MotoGP tornerà in pista a Mandalika, Indonesia, tra due weekend. Con un Mondiale apertissimo, imprevedibile, lunatico.