Dietro, nel frattempo, Marquez e Bastianini si liberavano di un arrembante Jack Miller, lasciando l'australiano nelle grinfie di Morbidelli che - nel tentativo di affondare il colpo sulla KTM numero 43 - si staccherà dal gruppo di testa. L'altra RC16, quella di Binder, influirà non poco sul gap accomulato da Marc ed Enea dai primi due: al giro 5 il catalano scavalcava con decisione il sudafricano in curva 5; Bastianini - dopo ripetuti sforzi - si liberava definitivamente dell'ostacolo alla sua azione in corrispondenza del nono giro, entrando con più spinta in curva 3 e completando un sorpasso che Marquez - osservandolo negli highlights del retropodio - definirà "difficile". Contestualmente, al decimo passaggio, il gap tra Pecco e Jorge si assottigliava ai minimi storici, sfiorando i sei decimi e instillando in Martín e in tutti gli spettatori della gara giapponese il presentimento di una domenica che di lì a poco sarebbe potuta diventare epica. 

I fatti invece racconteranno una storia diversa, perché a Motegi le posizioni di testa non hanno mai subito scossoni: appena Martín rosicchiava qualche decimo, Pecco - oltre a sentire un rumore più insistente nelle orecchie - leggeva gli avvisi che il Team Ducati Lenovo gli inviava da remoto sul dashboard, ripassava gli avvertimenti sulla tabella fisica esposta dal muretto box, e tornava come se nulla fosse a girare sul piede dell'1'45"basso, rispendendo Jorge a distanza di sicurezza. La stessa dinamica, con qualche metro in meno a separarli, veniva replicata da Marquez su Bastianini, che a sei giri dalla bandiera a scacchi si portava a quattro decimi dal terzo gradino del podio, respirando per l'ultima volta il profumo della bagarre. Sul traguardo, alla fine, Bagnaia primo con un secondo abbondante su Martín. Altri tre secondi per trovare Marquez, terzo con cinque decimi di vantaggio su Bastianini. 

Quinto un Franco Morbidelli che ha rimontato e sopravanzato Binder nel finale, consegnando alla Ducati le chiavi di una top five che, senza il sudafricano, si sarebbe trasformata in un monopolio delle prime sette posizioni: dietro alla KTM di Brad, infatti, le GP23 targate VR46 di Bezzecchi e Di Giannantonio, che hanno preceduto Aleix Espargaró e Jack Miller, ultimo baluardo della top ten. Johann Zarco, con la Honda di Cecchinello, ha sfilato la "Coppa del Giappone" negli ultimissimi metri a Yamaha e Quartararo, rimasto ancora una volta senza benzina in prossimità del traguardo. A punti anche Luca Marini, quattordicesimo, mentre l'altra Honda Repsol di Joan Mir è stata falciata al primo giro da una manovra pericolosa di Alex Marquez, che dovrà scontare un long lap penalty nel Gran Premio D'Australia. Tra due settimane.