In Commissione d’inchiesta che indaga sul caso di Emanuela Orlandi, cittadina vaticana scomparsa il 22 giugno 1983, è stato ascoltato don Pietro Vergari, ex rettore di Sant'Apollinare, dove la giovane frequentava le lezioni di musica. Il suo nome è stato spesso accostato negli ultimi anni a quello di Enrico De Pedis, boss della Banda della Magliana, sepolto proprio all’interno della Basilica, una sepoltura che nemmeno chi è agli alti ranghi della chiesa potrebbe avere difficilmente, figurarsi un esponente della criminalità organizzata. Eppure, per quanto assurdo possa essere, è andata proprio così. Vergari si è presentato in Commissione in carrozzina, e avrebbe parlato con un filo di voce, il tutto a causa delle sue precarie condizioni di salute. A palazzo San Macuto, dove si riunisce la Commissione, avrebbe sostenuto di non aver mai conosciuto Emanuela.
Pietro Orlandi, fratello della quindicenne scomparsa, ha così commentato le parole del monsignore: “Mai conosciuta Emanuela? Si capisce con quali intenzioni è andato in Commissione”. E, su Enrico De Pedis Vergari si è pronunciato così: “Enrico era di carattere molto gentile e molto buono, era devoto alla chiesa di Sant'Apollinare, portava spesso fiori". Ma facciamo un passo indietro, a un’intercettazione telefonica dove la moglie di Enrico De Pedis tenta di rassicurare Vergari dopo che la notizia della sepoltura di De Pedis nella Basilica di Sant’Apollinare era ormai di dominio pubblico: “Possiamo stare tranquilli, è arrivato il Procuratore nostro (Giuseppe Pignatone ndr), ci penserà lui a far tacere Pietro Orlandi che sta facendo un casino, ha già cacciato Capaldo (pm che indagava sul caso di Emanuela) e messo i suoi. Poi ha assicurato ai miei avvocati che archivia tutto”. Come poi è andata è storia. Pignatone ha dato l’ok per lo spostamento di De Pedis, senza nulla chiedere al Vaticano, ha archiviato il caso della scomparsa di Emanuela e al termine del suo mandato è stato promosso a presidente del Tribunale della Santa Sede. Che giri hanno fatto tutte queste vite…