Tra gli autori più discussi che misero in dubbio la versione ufficiale c'è Thierry Meyssan, giornalista e attivista politico francese, presidente-fondatore della Rete Voltaire. Nel suo libro L'incredibile menzogna, pubblicato nel 2002, l’autore metteva in discussione non solo la narrazione ufficiale, ma anche l'uso degli attentati per giustificare il controllo delle popolazioni occidentali e l'inizio di una guerra senza fine in Medio Oriente. Come ha anche ricordato di recente Meyssan, “la stampa internazionale si rifiutò però di analizzare le mie argomentazioni e lanciò una campagna denigratoria", accusandolo di dilettantismo, complottismo e negazionismo. Meyssan elenca poi una serie di eventi collegati agli attentati che ritiene siano stati dimenticati o trascurati, come “l’insider trading sulle azioni delle compagnie aeree colpite", il crollo della terza torre del World Trade Center (WTC 7) e un incendio nell'annesso della Casa Bianca. Il punto centrale, secondo il controverso giornalista francese, è il "Piano di Continuità del Governo", attivato alle 10 del mattino l'11 settembre, che sospese temporaneamente le funzioni di George W. Bush e del Congresso, mettendo il potere nelle mani di un misterioso Governo di Continuità. Meyssan afferma: “Il passaggio di poteri fu perciò incostituzionale. In senso stretto si trattò di un colpo di Stato", poiché non c'era alcuna giustificazione, a suo dire, dato che nessun parlamentare morì negli attacchi. Secondo Meyssan, “ad oggi non esiste prova della presenza dei 19 pirati dell’aria che si sostiene fossero a bordo degli aerei dirottati. Costoro non figuravano sulle liste dei passeggeri diffuse il giorno stesso dalle compagnie aeree. I video dei pirati dell’aria in aeroporto non sono stati girati a New York, ma in altri aeroporti di transito”. Le affermazioni di Meyssan sono state smentite, nel corso degli anni, dai rapporti ufficiali.

Movimenti cospirazionisti come QAnon, i cui seguaci credono che un "potere occulto" (deep State) all’interno degli Stati Uniti sia stato responsabile degli attacchi dell'11 settembre, hanno riacceso l’attenzione sulle teorie più strampalate e complottiste sull’11 settembre, come nota la Bbc. Inoltre, i video di una serie di documentari conosciuta come Loose Change hanno contribuito a rafforzare molte delle fake news che circolano in rete. Come nota il New York Times, più di 100 milioni di persone hanno guardato Loose Change, secondo la stima del suo regista, rendendolo uno dei documentari indipendenti più popolari di tutti i tempi. Un documentario che ha alimentato l’ipotesi - mai provata - che il governo statunitense abbia orchestrato gli attacchi o, quantomeno, ne fosse a conoscenza e abbia permesso che i terroristi agissero indisturbati. La convinzione diffusa è che élite “globaliste” abbiano utilizzato gli attacchi come pretesto per limitare le libertà civili e facilitare la creazione di un sistema autoritario di controllo globale: il Nuovo Ordine Mondiale. Una teoria molto popolare che circola in rete è che “il carburante degli aerei non può fondere le travi d'acciaio", suggerendo che le Torri Gemelle siano state abbattute con l'uso di esplosivi. Una delle teorie più diffuse è che, infatti, le Torri Gemelle non siano crollate a causa dell'impatto degli aerei, ma a seguito di una “demolizione controllata”. Tuttavia, secondo il rapporto ufficiale, gli aerei danneggiarono gravemente le strutture portanti delle torri e compromisero i sistemi antincendio. Inoltre, gli incendi in alcune aree raggiunsero temperature di circa 1.000 °C, sufficienti a deformare le travi d'acciaio, portando al collasso degli edifici.

Tra le numerose voci e teorie cospirazioniste nate attorno agli eventi dell'11 settembre 2001, una delle più diffuse ritiene che la famosa serie animata I Simpson abbia previsto l'attacco terroristico al World Trade Center. Una ricerca per immagini mostra che questa voce circola online almeno dal 2008. La presunta prova di questa teoria era un'immagine di un episodio della serie che mostrava una copertina di una rivista con i numeri "9" e "11" accanto a un'illustrazione delle Torri Gemelle. Questa presunta prova derivava dall'episodio 3 della stagione 9, intitolato The City of New York vs. Homer Simpson, andato in onda nel 1997. La scena è stata ampiamente condivisa sulle piattaforme social, con molti utenti che esprimevano stupore e incredulità riguardo alla presunta predizione. Tuttavia, quella che è sembrata una "predizione" dell'11 settembre, seppure inquietante, è in realtà solo una coincidenza. Oltre all'illusione ottica creata dal prezzo di "$9" (9 dollari) e dall'illustrazione delle Torri Gemelle che ricorda il numero "11", l'episodio non contiene alcun riferimento esplicito agli eventi dell'11 settembre. Non si tratta quindi di una profezia o di una previsione, ma semplicemente di una combinazione accidentale di immagini.

Altri teorici della cospirazione hanno dato la colpa al Mossad e allo Stato d’Israele. L’idea è che dietro gli attentati dell’11 settembre ci sia una mano esterna e che i media e il governo - controllati dai soliti nemici esterni - abbiano manipolato le narrazioni sugli attacchi, oltre al fatto le autorità israeliane sapessero da tempo cosa sarebbe accaduto l’11 settembre 2001. In Medio Oriente, uno dei principali promotori della falsa affermazione secondo cui 4.000 israeliani erano stati avvertiti di non recarsi al lavoro il giorno degli attacchi terroristici è stata Al-Manar, una stazione televisiva libanese legata a Hezbollah. Negli Stati Uniti, pubblicazioni dell'estrema destra, in particolare l'American Free Press (AFP), un giornale orientato verso teorie cospirative antisemite, hanno svolto un ruolo significativo nella promozione di varie teorie cospirative antisemite sull'11 settembre. Bufale ancora oggi ampiamente diffuse.